基于动态算法的序列分析

J4 ›› 2010, Vol. 28 ›› Issue (01): 41-.

基于动态算法的序列分析

李誌^1a|刘元宁^1a|武泽旭²|常亚萍^1a|何飞^1a|徐宝林^1b|张浩^1a

1吉林大学 a计算机科学与技术学院|长春 130012；b畜牧兽医学院|长春 130062；2 四川大学电气信息学院|成都 610065

出版日期:2010-01-20 发布日期:2010-04-06
通讯作者: 张浩（1971— ），男，长春人，吉林大学副教授，博士，主要从事生物信息学研究，(Tel)86-13166844666 E-mail:lyn@jlu.edu.cn。
作者简介:李誌（1972— ）|男|长春人|吉林大学硕士研究生|主要从事生物信息学研究|(Tel)86-13039016988(E-mail)lizhitang@tom.com；刘元宁(1962— )|男|长春人|吉林大学教授|博士|博士生导师|主要从事生物信息学研究|（Tel）86-13904336786（E-mail）lyn@jlu.edu.cn；通讯作者：张浩（1971— ）|男|长春人|吉林大学副教授|博士|主要从事生物信息学研究|(Tel)86-13166844666(E-mail)lyn@jlu.edu.cn。
基金资助:
国家自然科学基金资助项目（60673099；60873146；60971089）

Sequence Analysis Based on Dynamic Algorithm

1aCollege of Computer Science and Technology, Jilin University, Changchun 130012, China;1bCollege of Animal Science and Veterinary Medicine, Jilin University, Changchun 130062, China；
2College of Electrical Engineering and Information, Sichuan University,Chengdu 610065,China

Online:2010-01-20 Published:2010-04-06

摘要/Abstract

摘要：

为了获得2009年新型甲型H1N1流感病毒与2008流感病毒的基因序列及氨基酸序列的一致性，以便对一个基因家族的生物学特征有一个简明扼要的了解，针对目前流行的新型甲型H1N1流感病毒的基因序列及其所编码的氨基酸序列，采用动态规划算法对其一级序列进行序列相似度分析，获得了2009年新型甲型H1N1流感病毒的NA和M基因片段以及2008年猪源性甲型H1N1流感病毒的相应基因片段同源性高、在有些位点发生了基因突变增添和突变缺失等重要基因信息。为此次新型甲型H1N1流感病毒的研究提供了依据。

关键词: 生物信息学, 序列比对, 相似性分析

Abstract:

Sequence alignment is the basis of sequence analysis, which describes the similarity of sequences in a set to understand the biological characteristics of a gene family concisely. The dynamic programming algorithm is adopted to analyze the similarity of the sequence of currentnew H1N1 influenza virus gene sequences and their encoded amino acid sequences.Some important genetic information is obtained,such as high homologous between NA and M gene fragments of 2009 new H1N1 influenza virus and corresponding gene fragments of 2008 swine H1N1 influenza, gene mutation in some sites plusdeletion mutation. These results provide the basis for the further study of this new H1N1 influenza virus.

Key words: bioinformatics, sequence comparison, similarity analysis

中图分类号:

TP391.41

李誌|刘元宁|武泽旭|常亚萍|何飞|徐宝林|张浩. 基于动态算法的序列分析[J]. J4, 2010, 28(01): 41-.