吉林大学学报(工学版) ›› 2011, Vol. 41 ›› Issue (增刊2): 250-253.

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基于动态规划RNA二级结构的比较

李誌1,2, 刘元宁2, 张浩2, 沈廷杰2, 李杰2, 翟洪亮2   

  1. 1. 长春理工大学计算机科学与技术学院, 长春130022;
    2. 吉林大学 计算机科学与技术学院, 长春130012
  • 收稿日期:2011-03-06 出版日期:2011-09-30 发布日期:2011-09-30
  • 通讯作者: 张浩(1971),男,副教授。研究方向:生物信息学。E-mail:zhangh@jlu.edu.cn E-mail:zhangh@jlu.edu.cn
  • 作者简介:李志(1972),男,讲师。研究方向:生物信息学。E-mail:lizhitang@tom.com
  • 基金资助:

    国家自然科学基金项目(60971089)

RNA second structure comparison based on dynamic programming

LI Zhi1,2, LIU Yuan-ning2, ZHANG Hao2, SHEN Ting-jie2, LI Jie2, ZHAI Hong-liang2   

  1. 1. College of computer Science and Technology, Changchun University of Science and Technology, Changchun 130022, China;
    2. College of computer Science and Technology, Jilin University, Changchun 130012, China
  • Received:2011-03-06 Online:2011-09-30 Published:2011-09-30

PDF (PC)

641

摘要：

从RNA的二级结构描述着手,建立基于向量的RNA二级结构树的描述方法,并以该种描述方法为基础,应用动态规划算法,以高致病性的H5N1病毒的NA片段为例,对RNA二级结构进行树状比较。比较结果发现,在时间复杂性上,该方法优于利用最小自由能的方法,并且致病性越强,该结构的相似性越高,对生物实验具有指导意义。

关键词: 生物信息学, RNA二级结构, 向量树, H5N1病毒, 动态规划

Abstract:

Traditional description methods of RNA secondary structure could lead higher complexity of time in RNA structure comparison.This article offers a vector method of describing RNA secondary structure.Then,we compare RNA secondary structures tree by dynamic programming and those structures come from NA segments of highly pathogenic H5N1 virus.It is superior to the method of minimum free energy on time complexity.And it shows RNAs hold higher similar structure when they hold stronger pathogenicity,which could be a good guide for biological experiments.

Key words: bioinformatics, RNA secondary structure, vector tree, H5N1, dynamic programming

中图分类号: 

  • TP399


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