自分泌运动因子（ATX）抑制剂结合位点的预测及其与rPAI-1的分子对接

吉林大学学报(理学版)

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自分泌运动因子（ATX）抑制剂结合位点的预测及其与rPAI-1的分子对接

詹冬玲¹, 郑明珠¹, 韩葳葳², 刘景圣^1

1. 吉林农业大学食品科学与工程学院, 长春 130118； 2. 吉林大学分子酶学工程教育部重点实验室, 长春 130012

收稿日期:2013-11-25 出版日期:2014-09-26 发布日期:2014-09-26
通讯作者: 刘景圣 E-mail:liujs1007@vip.sina.com.cn

Binding Pose of the Autotoxin (ATX) Inhibitors Predictedand Molecular Docking with rPAI-1

ZHAN Dongling¹, ZHENG Mingzhu¹, HAN Weiwei², LIU Jingsheng¹

1. College of Food Science and Engineering, Jilin Agricultural University, Changchun 130118; 2. Key Laboratoryfor Molecular Enzymology and Engineering of Ministry of Education, Jilin University, Changchun 130012

Received:2013-11-25 Online:2014-09-26 Published:2014-09-26
Contact: LIU Jingsheng E-mail:liujs1007@vip.sina.com.cn

摘要/Abstract

摘要：

利用复合物指纹的虚拟筛选预测自分泌运动因子(ATX)抑制剂的结合位点, 并通过与24个抑制剂（10个脂质和脂基抑制剂, 14个小分子抑制剂）分子
对接和动力学模拟表明, Thr209,Asp172,Tyr306,Phe210,Leu243,Leu213和Phe274是抑制剂结合位点的重要残基, 且这些残基均通过侧链与抑制剂作用. 利用3Dpartner预测出与ATX结合的蛋白为纤溶酶原激活物抑制剂1(rPAI-1）, 并通过同源模拟, 得到rPAI-1的分子结构. 利用软件GRAMM将ATX与rPAI-1分子结构相结合, 并通过分子动力学模拟确定与大分子抑制剂rPAI1作用的ATX重要残基Glu155和Ala158.

关键词: 虚拟筛选, 蛋白和蛋白对接, 自分泌运动因子

Abstract:

The composite fingerprint virtual screening was used to predicate the binding mode of autotoxin’s (ATX) inhibitor. Our results indicate that Thr209,Asp172,Tyr306,Phe210,Leu243,Leu213, and Phe274 are important residues for binding 24 inhibitors (10 lipid and lipidbased inhibitors and 14
small molecule inhibitors). We also predicted the binding mode of plasminogen activator inhibitor 1 (rPAI-1) to ATX. Under the guidance of GRAMM software, the homology modeling of macromolecule inhibitor rPAI1 showed it was docked to ATX. Through molecular dynamics simulation, we predicted the important residues Glu155 and Ala158 involved in the binding of macromolecule inhibitor rPAI-1.

Key words: virtual screening, proteinprotein docking, autotoxin (ATX)

中图分类号:

詹冬玲, 郑明珠, 韩葳葳, 刘景圣. 自分泌运动因子（ATX）抑制剂结合位点的预测及其与rPAI-1的分子对接[J]. 吉林大学学报(理学版), 2014, 52(05): 1100-1104.

ZHAN Dongling, ZHENG Mingzhu, HAN Weiwei, LIU Jingsheng. Binding Pose of the Autotoxin (ATX) Inhibitors Predictedand Molecular Docking with rPAI-1[J]. Journal of Jilin University Science Edition, 2014, 52(05): 1100-1104.

[1]	吴丛梅, 赵韫慧, 李莹莹, 孙宝娲, 殷玉和. 异柠檬酸裂解酶肽类抑制剂的优化筛选[J]. J4, 2012, 50(03): 581-.
[2]	詹冬玲, 韩葳葳, 刘景圣. 角鲨烯合成酶抑制剂的高通量虚拟筛选[J]. J4, 2012, 50(02): 361-364.

自分泌运动因子（ATX）抑制剂结合位点的预测及其与rPAI-1的分子对接

Binding Pose of the Autotoxin (ATX) Inhibitors Predictedand Molecular Docking with rPAI-1

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