上一篇
|
下一篇
)2.福建医科大学附属第一医院胃肠外科 福建省腹部外科研究所，福建 福州 350005
通过生物信息学方法对癌症基因组图谱（TCGA）和高通量基因表达（GEO）数据库进行数据挖掘，探讨宫颈鳞状细胞癌（宫颈鳞癌）预后相关分子。
从TCGA和GEO数据库下载宫颈鳞癌相关数据，利用Perl软件和R语言软件进行数据整理和分析，筛选出2个数据库中在正常组织和肿瘤组织共有的差异表达基因（DEGs），并对DEGs进行基因本体论（GO）的功能富集和京都基因与基因组百科全书 （KEGG） 通路富集分析，预测其作用机制。使用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白-蛋白互作（PPI）网络，筛选枢纽基因，并结合临床数据进行生存分析。
2个数据库共有的DEGs为226个，其中上调的为170个，下调的为56个。GO富集分析，上述DEGs主要与细胞核分裂、细胞器分裂、有丝分裂和DNA酶活性催化等有关联。KEGG通路分析，这些DEGs主要富集在细胞周期、DNA复制和p53信号通路等。生存分析，微小染色体蛋白（MCMs）家族基因中MCM2、MCM5和MCM6与染色体结构维持蛋白4 （SMC4）基因均在肿瘤组织中高表达，且与宫颈鳞癌患者预后有关联（P < 0.05），其中表达上调的MCM2、MCM5和MCM6基因可延长宫颈鳞癌患者的生存时间，属于抑癌基因；而SMC4则缩短患者的生存时间，为促癌基因。
MCM2、MCM5和MCM6作为抑癌基因抑制宫颈癌的进展，而SMC4作为促癌基因促进宫颈鳞癌的进展。