肠道微生物群系主要包括细菌、真菌、病毒和蠕虫等，在肠道保护屏障和肠道免疫反应中发挥重要作用。炎症性肠病所引起的肠道功能障碍常常伴随着肠道微生物群系的失调，通常表现为多样性下降、致炎微生物增加及抗炎微生物的减少。目前炎症性肠病中肠道微生物群系的研究以细菌方面为主，但也有研究证明真菌、病毒和蠕虫等在炎症性肠病的发生发展中发挥了重要作用。目前已有肠道微生物群系来改善肠道炎症的治疗方法，如粪菌移植和饮食习惯治疗等，现有的药物治疗也被认为可以通过影响肠道微生物群系来发挥作用，肠道微生物群系已成为炎症性肠病的治疗重点。现对细菌、病毒、真菌和蠕虫等在炎症性肠病发生发展过程中的影响进行综述，并对通过改变肠道微生物群系进行炎症性肠病的治疗方法进行回顾总结，为炎症性肠病的治疗提供新的思路。