针对H1N1病毒的多特征siRNA设计

吉林大学学报(工学版) ›› 2010, Vol. 40 ›› Issue (03): 776-0781.

针对H1N1病毒的多特征siRNA设计

刘元宁¹,常亚萍¹,李誌²,张浩¹,田明尧³

1.吉林大学计算机科学与技术学院|长春 130012；2.长春理工大学应用技术学院|长春130022； 3.中国人民解放军军事科学院生物研究所|长春 130062

出版日期:2010-05-01 发布日期:2010-05-01
通讯作者: 张浩（1971），男，副教授，博士.研究方向:生物信息学 E-mail:lyn@jlu.edu.cn
作者简介:刘元宁(1962)|男|教授|博士生导师.研究方向:生物信息学.E-mail:lyn@jlu.edu.cn
基金资助:
国家自然科学基金项目（60673099, 60873146，60971089）

siRNA design for H1N1 based on multicharacters

LIU Yuan-ning¹, CHANG Ya-ping¹, LI Zhi², ZHANG Hao¹, TIAN Ming-yao³

1.School of Computer Science and Technology, Jilin University,Changchun 130012,China|2.School of Applied Technology,Changchun University of Science and Technology,Changchun 130022,China;3.Institute of Biological Research, Academy of Military Sciences of Chinese People's Liberation Army,Changchun 130062,China

Online:2010-05-01 Published:2010-05-01

摘要/Abstract

摘要：

针对甲型流感病毒H1N1基因，从RNAi的角度出发，采用多特征融合的方法，进行siRNA预测。对2009年的46株病毒序列的PA片段进行分析，从经过序列分析所获得的众多靶系列中，采用结构分析手段对靶序列进行筛选，获得较易干扰的靶序列及设计出相应的siRNA。研究发现，2009年爆发的H1N1病毒，序列保守性高，靶序列一致性高，结构保守性高。该方法可以有效选择可能的靶序列，并在此基础上进一步筛选，以获得少量较易干扰的靶序列，该方法为复杂序列siRNA的设计提供了新思路，对siRNA的优化设计有指导意义，有助于利用RNAi进行H1N1治疗的后续研究。

关键词: 生物信息学, RNAi, siRNA, 二级结构

Abstract:

Aiming at H1N1 gene and starting from the point of RNAi, siRNA prediction is conducted by means of multicharacters analyses, such as sequence and structure. First 46 viral sequence's PA fragments in year 2009 are analyzed. Then the siRNA target genes with strong ability of interference are selected on the basis of the secondary structure of siRNA target sequence. Our research reveals that the outbreaking H1N1 virus in 2009 is characterized by steady heredity, high sequence conservativeness, uniform siRNA target gene sequence, and high conservative structure. This method can be employed to choose the possible siRNA and obtain less but more valuable siRNA target genes by further sifting. It provides a new idea for the design of complex sequence siRNA, and it is of instructional significance for optimal design of siRNA. The research is helpful to the study of H1N1 treatment by RNAi.

Key words: bioinformatics, RNA interfering, small interfering RNA, secondary structure

中图分类号:

TP31

刘元宁, 常亚萍, 李誌, 张浩, 田明尧. 针对H1N1病毒的多特征siRNA设计[J]. 吉林大学学报(工学版), 2010, 40(03): 776-0781.

LIU Yuan-Ning, CHANG E-Ping, LI Zhi, ZHANG Gao, TIAN Meng-Yao. siRNA design for H1N1 based on multicharacters[J]. 吉林大学学报(工学版), 2010, 40(03): 776-0781.

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