计算机辅助基因克隆的Oracle数据库系统

计算机辅助基因克隆的Oracle数据库系统

王伟，王玉宏，陈宇，李惟

吉林大学生命科学学院，长春 130023

收稿日期:1900-01-01 修回日期:1900-01-01 出版日期:2002-04-26 发布日期:2002-04-26
通讯作者: 李惟

An Oracle Database System for Computer-assisted Genomic Cloning

WANG Wei, WANG Yu-hong, CHEN Yu, LI Wei

College of Life Science, Jilin University, Changchun 130023, China

Received:1900-01-01 Revised:1900-01-01 Online:2002-04-26 Published:2002-04-26
Contact: LI Wei

摘要/Abstract

摘要： 计算机辅助基因克隆的Oracle数据库系统利用SwissProt数据库获取已知的基因，用 Blast程序从人类基因组序列中搜索与该基因同源的染色体DNA片段，并将Blast返回的结果存储于Oracle数据库. 使用者选择所感兴趣的Blast结果，用本文所提供的算法及前端程序合成这些DNA片段，从而实现计算机辅助克隆新基因.

关键词: Oracle数据库, GenBank数据库, SwissProtJAVA数据库, 生物信息学

Abstract: Bioinformatics assisted gene discovery comprises picking the gene ava ilable in SwissProt, searching the DNA fragments homologous to the gene from the human genomic sequence by means of BLAST program, and saving them into the Oracle Database. On the basis of the useful data from in the Oracl e Database computer-assistant novel gene cloning is realized by means of the algorithm that we provided and the searched DNA fragments.

Key words: Oracle database, GenBank database, SwissProt JAVA database, bioinformatics

中图分类号:

TP311

王伟，王玉宏，陈宇，李惟. 计算机辅助基因克隆的Oracle数据库系统[J]. J4, 2002, 40(02): 204-208.

WANG Wei, WANG Yu-hong, CHEN Yu, LI Wei. An Oracle Database System for Computer-assisted Genomic Cloning[J]. J4, 2002, 40(02): 204-208.

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