识别转录因子结合位点的新方法

识别转录因子结合位点的新方法

李艳文, 马志强, 李永丽，孙平平, 马雅楠

东北师范大学计算机学院, 长春 130024

收稿日期:2006-05-29 修回日期:1900-01-01 出版日期:2006-08-26 发布日期:2006-08-26
通讯作者: 马志强

A New Method to Identify Transcription Factor Binding Sites

LI Yanwen, MA Zhiqiang, LI Yong li, SUN Pingping, MA Yanan

School of Computer Science, Northeast Normal University, Changchun 130024, China

Received:2006-05-29 Revised:1900-01-01 Online:2006-08-26 Published:2006-08-26
Contact: MA Zhiqiang

摘要/Abstract

摘要： 采用进化计算的方法, 实现了在共表达基因上游非编码区寻找转录因子的结合位点. 将此方法应用在已知的受同一种转录因子调控的基因上游启动子序列集合, 结果显示, 该算法能正确识别具有单一保守序列的调控位点；与经典的Gibbs采样方法比较显示, 本文算法在识别较短的结合位点时更有效.

关键词: 遗传算法, 粒子群优化, 进化计算

Abstract: A novel framework was presented for using evolutionary algorithm to identify the transcription factor binding sites from the noncoding region of the upstream of the coexpression genes. The application of the method in known promoter sequence sets which controled by the same transcription fact or showed that the proposed method can exactly find the binding sites with unigue conserved sequence. Compared with the classic method〖CD2〗Gibbs Sampler, the proposed method shows more effectiveness on finding the shorter binding sites.

Key words: genetic algorithms, particle swarm optimization, evolutionary computation

中图分类号:

TP31

李艳文, 马志强, 李永丽，孙平平, 马雅楠. 识别转录因子结合位点的新方法[J]. J4, 2006, 44(06): 157-161.

LI Yanwen, MA Zhiqiang, LI Yong li, SUN Pingping, MA Yanan. A New Method to Identify Transcription Factor Binding Sites[J]. J4, 2006, 44(06): 157-161.

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