大豆中一种富含半胱氨酸蛋白性质的分子动力学模拟

吉林大学学报(理学版) ›› 2022, Vol. 60 ›› Issue (5): 1202-1208.

大豆中一种富含半胱氨酸蛋白性质的分子动力学模拟

李洋¹，王科飞¹，胡海燕¹，王志超¹，李延春²

1. 吉林工商学院工学院，长春 130507；
2. 吉林大学化学学院理论化学研究所，长春 130021

收稿日期:2021-11-18 出版日期:2022-09-26 发布日期:2022-09-26
通讯作者: 李洋 E-mail:liyang18866@hotmail.com

Molecular Dynamics Simulation of Properties of Cystein-Rich Protein from Soybean

LI Yang¹， WANG Kefei¹， HU Haiyan¹， WANG Zhichao¹， LI Yanchun²

1. School of Technology, Jilin Business and Technology College, Changchun 130507, China； 2. Institute of Theoretical Chemistry, College of Chemistry, Jilin University, Changchun 130021, China

Received:2021-11-18 Online:2022-09-26 Published:2022-09-26

摘要/Abstract

摘要： 利用基于OPLS-AA(optimized potentials for liquid simulations all atom)力场的分子动力学（molecular dynamics, MD）方法研究大豆中富含半胱氨酸蛋白的疏水性质以及蛋白与溶剂间的弱相互作用, 并从热力学和动力学方面研究该蛋白在不同λ下的自由能变化规律. 结果表明，半胱氨酸对蛋白的性质具有决定性影响，溶剂主要影响蛋白的构象.

关键词: , 大豆, 富含半胱氨酸蛋白, 分子动力学, 自由能

Abstract: We used molecular dynamics (MD) method based on OPLS-AA (optimized potentials for liquid simulations all atom) force field to investigate the hydrophobic properties of cysteine-rich protein from soybean and the weak interactions between protein and solvent, and studied the free energy changes of the protein at different λ from the aspects of thermodynamics and dynamics. The results show that the cysteine has a decisive effect on the protein properties, and the solvent mainly affects the protein conformations.

Key words: soybean, , cysteine-rich protein, , molecular dynamics, , free energy

中图分类号:

李洋, 王科飞, 胡海燕, 王志超, 李延春. 大豆中一种富含半胱氨酸蛋白性质的分子动力学模拟[J]. 吉林大学学报(理学版), 2022, 60(5): 1202-1208.

LI Yang, WANG Kefei, HU Haiyan, WANG Zhichao, LI Yanchun. Molecular Dynamics Simulation of Properties of Cystein-Rich Protein from Soybean[J]. Journal of Jilin University Science Edition, 2022, 60(5): 1202-1208.

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