吉林大学学报(理学版) ›› 2024, Vol. 62 ›› Issue (5): 1267-1273.
时月明1, 张哲1,2, 刘剑兰3, 刘明皓3
SHI Yueming1, ZHANG Zhe1,2, LIU Jianlan3, LIU Minghao3
摘要: 利用在线软件和线下软件对来源于刀额新对虾(Metapenaeus ensis)的过敏原Met e1的B细胞抗原表位和T细胞抗原表位进行预测、 筛选以及辅助计算. 首先, 通过uniprot蛋白数据库获取Met e1蛋白质氨基酸序列; 其次, 用ExPASY ProtParam, SignalP-5.0 Server和TMHMM Server v.2.0 在线工具对Met e1的理化性质、 信号肽与跨膜区域进行分析, 用PSIPRED在线工具、 SOPMA在线工具和DNAstar软件联合预测计算Met e1二级结构, 用Swiss model 在线软件预测计算Met e1三级结构; 再次, 用DNAStar线下软件和IEDB在线软件综合预测计算线性B细胞表位,用IEDB在线软件预测计算CD4+T细胞表位和CD8+T细胞表位; 最后将所得结果进行B细胞表位和T细胞表的筛选. 结果表明:Met e1蛋白的B细胞表位为15~28, 45~49, 92~95, 125~130, 150~153,255~258位氨基酸;T细胞表位为78~84, 223~232位氨基酸.
中图分类号: