吉林大学学报(医学版) 2023, 49(5) 1280-1289 DOI: 10.13481/j.1671-587X.20230522 ISSN: 1671-587X CN: 22-1342/R | ||
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临床研究 | ||
多形性胶质母细胞瘤相关基因和候选通路的生物信息学分析 | ||
赵一明,许海洋(![]() |
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吉林大学第一医院神经外科,吉林 长春 130021 | ||
摘要: 目的 采用生物信息学方法分析与多形性胶质母细胞瘤(GBM)发生发展相关的关键基因和候选通路,探讨GBM的发病机制和治疗靶点。 方法 自癌症基因组图谱(TCGA)数据库和基因表达综合(GEO)数据库获得基因表达数据集TCGA-GBM及GSE7696,分别采用Deseq2和limma R数据包筛选GBM组织与癌旁正常组织中的差异表达基因(DEGs),并对DEGs进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析,采用STRING数据库进行蛋白-蛋白互作(PPI)网络分析,采用Cytoscape 3.9.1软件对PPI网络进行可视化并进行模块分析。 结果 对TCGA-GBM转录数据和芯片数据集GSE7696进行DEGs分析后共获取13个共同上调差异表达基因(UDEGs)和77个共同下调差异表达基因(DDEGs)。GO功能富集分析,DDEGs主要富集于氯离子通道活性、γ-氨基丁酸(GABA)受体活性、GABA门控氯离子通道活性、GABA-A受体活性、顺行突触传递信号和化学突触传递等生物学过程;KEGG信号通路主要富集于GABA能突触、神经活性配体-受体相互作用、含血清素的神经突触和突触囊泡循环等信号通路。PPI和模块构建确定了2个重要的基因模块。Cytoscape 3.9.1软件分析,PPI网络中溶质载体家族17成员6(SLC17A6)、溶质载体家族1成员2(SLC1A2)、前速激肽前体1(TAC1)、突触结合蛋白1(SYT1)、RNA结合蛋白fox1同源物3(RBFOX3)和γ-氨基丁酸A型受体亚基γ2(GABRG2)被筛选为关键基因。 结论 SLC17A6、SLC1A2、TAC1、SYT1、RBFOX3和 GABRG2基因可能参与了GBM的发生发展,GABA能突触传递相关基因与通路调控网络的失调可能是GBM发病的主要机制。 |
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关键词: 多形性胶质母细胞瘤 生物信息学 基因表达综合数据库 癌症基因组图谱数据库 差异表达基因 | ||
收稿日期 2022-10-18 修回日期 网络版发布日期 2023-10-26 | ||
DOI: 10.13481/j.1671-587X.20230522 | ||
基金项目: 吉林省科技厅科技发展计划项目(20220203018SF) | ||
通讯作者: 许海洋 | ||
作者简介: 赵一明(1995-),男,辽宁省沈阳市人,住院医师,医学硕士,主要从事神经肿瘤外科方面的研究。 | ||
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