吉林大学学报(医学版) 2023, 49(5) 1268-1279 DOI: 10.13481/j.1671-587X.20230521    ISSN: 1671-587X CN: 22-1342/R

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临床研究
细胞焦亡分型和APOD预测胃癌患者预后作用的生物信息学分析
崔海康1,张旭东1,李晓宁1,杨希1,杨兰1,2,张文杰1,2()
1.石河子大学医学院病理系,新疆 石河子 832002
2.新疆地方与民族高发病教育部重点实验室,新疆 石河子 832002
摘要

目的 寻找胃癌(GC)患者的预后标志物,实现GC的早诊早治,为提高GC患者的生存率提供依据。 方法 从癌症基因图谱(TCGA)数据库和GSE84437数据集下载407和433例GC患者的临床数据和转录组数据并合并,根据细胞焦亡相关基因的表达水平和ConsensusClusterPlus数据包对GC组织样本进行聚类分型,分为A分型(342例)和B分型(465例),将GC患者按照载脂蛋白D(APOD)水平分为低表达组和高表达组。采用survminer数据包比较不同分型患者预后的差异,采用ssGSEA算法比较不同分型患者免疫浸润的差异,采用Lasso回归和Cox回归构建GC患者预后风险模型,对模型基因进行临床性状过滤,采用公共数据库分析APOD在癌旁正常组织和GC组织中表达水平的差异,采用基因富集分析(GSEA)分析APOD的京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集情况,采用CIBERSORT 算法评估免疫细胞含量并分析其与APOD表达的相关性,采用在线网站分析APOD的药物敏感性。 结果 2种细胞焦亡分型患者预后比较差异有统计学意义(P=0.002);A分型患者中22种免疫细胞含量均高于B分型(P<0.01);不同年龄(P<0.01)、N分期(P=0.04)患者2种细胞焦亡分型百分率差异有统计学意义。公共数据库分析,在GC患者肿瘤组织中APOD表达水平低于癌旁正常组织;生存分析,高表达组GC患者预后较低表达组差;临床相关性分析,不同T分期患者APOD表达水平比较差异有统计学意义(P<0.05);GSEA分析,高表达组在细胞黏附通路、白细胞内皮迁移通路和缝隙连接通路富集;免疫浸润分析,高表达组中滤泡辅助T淋巴细胞、CD4+记忆激活T淋巴细胞、静息自然杀伤(NK)细胞和中性粒细胞含量少于低表达组;APOD与CXC趋化因子配体12(CXCL12)(r=0.500,P<0.01)、转化生长因子B1(TGFB1)(r=0.313,P<0.01)、CC趋化因子配体 19(CCL19)(r=0.518,P<0.01)和CX3C趋化因子受体1(CX3CR1)(r=0.444,P<0.01)呈正相关关系;药物敏感性分析,APOD与AZD-7762、KW-2449和TG-101348呈正相关关系(0<r<0.3,P<0.05)。 结论 依据焦亡分型可以较好地评估GC患者的预后;APOD可以成为GC新的预后标志物和治疗靶点。

关键词: 胃肿瘤 细胞焦亡 载脂蛋白D 生存 预后 免疫浸润
收稿日期  2022-11-07   修回日期    网络版发布日期  2023-10-26  
DOI: 10.13481/j.1671-587X.20230521
基金项目: 国家自然科学基金项目(81260301);国家科技支撑计划项目(2009BAI82B02)
通讯作者: 张文杰
作者简介: 崔海康(1995-),男,河北省石家庄市人,在读硕士研究生,主要从事胃癌病理和分子诊断学方面的研究。

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