2007年02月 在第二届北方期刊奖评选中荣获十佳期刊奖、优秀期刊奖
2007年08月 荣获首届吉林省高校科学研究促进奖
2008年01月 在吉林省第八次期刊等级评审中荣获十佳科技期刊奖
2008年10月 荣获第二届中国高校精品科技期刊奖
2008年10月 荣获高校科技期刊先进集体奖
2009年10月 荣获中国高等学校自然科学学报研究会评选的2009年全国高校科技期刊优秀编辑质量奖
2009年11月 在由吉林省委宣传部、省新闻出版局组织的第九次（2007~2008年度）全省期刊等级评审工作中被评为吉林省一级期刊、吉林省名刊
2009年12月 在第二届吉林省新闻出版奖评选工作中荣获“第二届吉林省新闻出版奖的期刊精品奖”称号
2010年11月 荣获“第三届中国高校精品科技期刊”称号
2011年05月 在第二届中国学术期刊评价中被评为“RCCSE中国权威学术期刊”（注：RCCSE为中国科学评价研究中心英文缩写）
2011年05月 在由教育部科技发展中心举办的“中国科技论文在线优秀期刊”评比活动中获一等奖
2011年10月 在由教育部科学技术司举办的“2011年中国高校科技期刊优秀团队和优秀个人评选活动”中被评为中国高校科技期刊优秀团队
2012年10月 荣获教育部2011年度中国科技论文在线优秀期刊一等奖
2012年11月 荣获教育部第四届中国高校精品科技期刊奖
2013年11月 在由教育部科技发展中心举办的2012年度“中国科技论文在线优秀期刊”评比活动中获一等奖
2013年9月 在由教育部科学技术司举办的中国高校科技期刊优秀主编评比活动中，王丽同志被评为“2013年中国高校科技期刊优秀主编”
2014年7月 荣获中国高校科技期刊研究会评选的“中国高校医学期刊最佳实践奖”
2014年10月 荣获教育部科学技术司评选的“第五届中国高校优秀科技期刊奖”
2015年12月 在由教育部科技发展中心举办的2014年度“中国科技论文在线优秀期刊”评比活动中获一等奖
2016年10月 在吉林省高校科技期刊“四个奖”评选活动中荣获先进集体奖
2016年10月 荣获中国高校科技期刊研究会2016年度中国高校优秀科技期刊奖
2017年9月 《吉林大学学报（医学版）》荣获吉林省高校科技期刊研究会首届吉林省高校科技期刊奖精品奖
2018年6月 《吉林大学学报（医学版）》在由教育部科技发展中心举办的2016年度“中国科技论文在线优秀期刊”评比活动中荣获一等奖
2018年10月 荣获中国高校科技期刊研究会“2018年度中国高校百佳科技期刊”
2018年10月 在2018年吉林省高校科技期刊“三优一先”遴选活动中荣获先进集体奖
2019年7月 荣获“第二届吉林省高校科技期刊奖精品奖”
2019年10月 荣获中国高校科技期刊研究会“中国高校科技期刊优秀团队”
2020年8月 官鑫编辑荣获“第四届中国科技期刊青年编辑大赛”三等奖

2020年9月 韩宏志编辑获“中国高校科技期刊研究会青年基金课题”B类基金资助

2020年11月 《吉林大学学报（医学版）》荣获中国高校科技期刊研究会“2020年度中国高校百佳科技期刊”

2020年12月 《吉林大学学报（医学版）》编辑部荣获“第五届吉林省新闻出版优秀集体奖”

2021年10月 《吉林大学学报（医学版）》荣获“第三届吉林省高校科技期刊奖”特别奖
2021年10月  王丽编审荣获吉林省高校科技期刊研究会的“终身成就奖”
2021年10月  韩宏志编审荣获2020年度吉林省高校科技期刊“优秀编辑”奖
2021年10月  官鑫副编审荣获2020年度吉林省高校科技期刊“优秀青年编辑”奖

2022年12月 《吉林大学学报（医学版）》荣获“2022中国高校百佳科技期刊”

2022年12月 《吉林大学学报（医学版）》在2022年度吉林省高校科技期刊高质量发展计划被遴选为先进集体

2023年11月 《吉林大学学报（医学版）》编辑部荣获2023年度中国高校科技期刊建设示范案例库优秀团队

2023年11月 《吉林大学学报（医学版）》官鑫副编审荣获2023年度中国高校科技期刊建设示范案例库优秀编辑

2024年10月 李欣欣编审荣获2024年度吉林省高校科技期刊“优秀主编”奖

2024年10月 韩宏志编审荣获2024年度吉林省高校科技期刊“优秀编辑”奖