基于本体的语义生物信息数据库资源链接

吉林大学学报(工学版) ›› 2010, Vol. 40 ›› Issue (06): 1650-1654.

基于本体的语义生物信息数据库资源链接

刘彦斌¹,周春光¹,张重毅^1,2,周栩¹,翟延冬¹,邹淑雪¹

1.吉林大学计算机科学与技术学院,长春 130012;2.长春师范学院计算机科学与技术学院,长春 130032

收稿日期:2009-08-06 出版日期:2010-11-01 发布日期:2010-11-01
通讯作者: 周栩(1975-),男,讲师,博士研究生.研究方向：语义网.E-mail：zhouxu@jlu.edu.cn E-mail:E-mail：zhouxu@jlu.edu.cn
作者简介:刘彦斌（1981-）,男,博士研究生.研究方向：计算智能,多agent系统,语义网.E-mail:liuyanbin.jlu@gmail.com
基金资助:
吉林大学研究生创新基金项目(20091022);European Commission under Grant （TH/Asia Link/010 (111084)）;“863”国家高技术研究发展计划项目(2007AA04Z114);国家自然科学基金项目(60433020,60673099,60773095).

Resource interlinking of semantic bioinformatics database based on ontology

LIU Yan-bin¹,ZHOU Chun-guang¹,ZHANG Zhong-yi^1,2,ZHOU Xu¹,ZHAI Yan-dong¹,ZOU Shu-xue¹

1.College of Computer Science and Technology,Jilin University,Changchun 130012,China；2.College of Computer Science and Technology,Changchun Normal University,Changchun 130032,China

Received:2009-08-06 Online:2010-11-01 Published:2010-11-01

摘要/Abstract

摘要：

针对RDF生物信息数据库，结合领域知识，研究了在本体指导下的RDF数据库资源链接策略。同时，对所涉及的资源匹配、基于本体的语义相似度计算等具体问题进行算法设计及开发。实验结果验证了本文所阐述的语义生物信息数据库资源链接算法模型的有效性。

关键词: 计算机工程, 本体, 语义网, 生物信息, 语义相似度

Abstract:

Combining RDF informatics database with the domain knowledge, we proposes a resource interlinking method of the RDF database based on ontology. Also we design and implement the corresponding algorithms for resource interlinking and semantic similarity computing. Experimental results validate the proposed method and algorithm model.

Key words: computer engineering, ontology, semantic Web, bioinformatics, semantic similarity

中图分类号:

TP3.05

刘彦斌, 周春光, 张重毅, 周栩, 翟延冬, 邹淑雪. 基于本体的语义生物信息数据库资源链接[J]. 吉林大学学报(工学版), 2010, 40(06): 1650-1654.

LIU Yan-Bin, ZHOU Chun-Guang, ZHANG Zhong-Yi, ZHOU Xu, ZHAI Yan-Dong, ZOU Shu-Xue. Resource interlinking of semantic bioinformatics database based on ontology[J]. 吉林大学学报(工学版), 2010, 40(06): 1650-1654.

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[1]	黄岚, 纪林影, 姚刚, 翟睿峰, 白天. 面向误诊提示的疾病-症状语义网构建[J]. 吉林大学学报(工学版), 2018, 48(3): 859-865.
[2]	王铁君, 王维兰. 基于Jena的唐卡领域本体推理[J]. 吉林大学学报(工学版), 2016, 46(6): 2059-2066.
[3]	梁云虹, 任露泉. 人类生活及其仿生学初探[J]. 吉林大学学报(工学版), 2016, 46(4): 1373-1384.
[4]	任维武, 胡亮, 赵阔. 基于数据挖掘和本体的入侵警报关联模型[J]. 吉林大学学报(工学版), 2015, 45(3): 899-906.
[5]	王俊华，左万利，彭涛. 面向文本的本体学习方法[J]. 吉林大学学报(工学版), 2015, 45(1): 236-244.
[6]	欧阳丹彤, 苏静, 叶育鑫, 崔仙姬. 基于模型诊断的本体调试局部定位[J]. 吉林大学学报(工学版), 2014, 44(6): 1757-1763.
[7]	罗智勇, 尤波, 许家忠, 梁勇. 基于三层攻击图的入侵意图自动识别模型[J]. 吉林大学学报(工学版), 2014, 44(5): 1392-1397.
[8]	牛晓霞¹, 吴艳霞¹, 朱若平², 顾国昌¹, 刘海波¹. 基于多种硬件实现方式探索的软硬件划分算法[J]. 吉林大学学报(工学版), 2014, 44(4): 1088-1093.
[9]	吴佳楠, 周春光, 夏雪飞, 刘桂霞, 沈薇, 周柚. 基于简单统计排名模型的差异表达基因识别[J]. 吉林大学学报(工学版), 2013, 43(04): 1059-1063.
[10]	吴佳楠, 周春光, 刘桂霞, 沈薇, 郑明, 周柚. 基于元分析的差异表达基因识别[J]. , 2012, 42(05): 1262-1266.
[11]	刘元宁, 沈廷杰, 张浩, 李鑫, 魏庆凯, 赫羽喆. microRNA靶基因特征提取新方法[J]. 吉林大学学报(工学版), 2012, 42(02): 418-422.
[12]	李誌, 刘元宁, 张浩, 沈廷杰, 李杰, 翟洪亮. 基于动态规划RNA二级结构的比较[J]. 吉林大学学报(工学版), 2011, 41(增刊2): 250-253.
[13]	刘元宁^1,2,李鑫^1,2,张浩^1,2,沈廷杰^1,2,李誌^1,3,田明尧⁴,鲁会军⁴. 调控流感病毒基因片段的人编码microRNA的新方法[J]. 吉林大学学报(工学版), 2011, 41(6): 1704-1708.
[14]	于万钧,金炳旭,张宾,刘全. 基于OWL的工作流异常处理建模方法[J]. 吉林大学学报(工学版), 2011, 41(03): 739-744.
[15]	余军, 张长海, 张浩, 赵冠男, 刘元宁. 基于茎区的动态规划算法的核糖核酸二级结构预测[J]. 吉林大学学报(工学版), 2011, 41(02): 452-0457.

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