一种共调控基因聚类的新方法

一种共调控基因聚类的新方法

白天, 周春光, 刘桂霞, 王晗, 王喆, 张宏婷

吉林大学计算机科学与技术学院, 长春 130012

收稿日期:2008-07-19 修回日期:1900-01-01 出版日期:2009-03-26 发布日期:2009-03-26
通讯作者: 周春光

A Novel Approach to Clustering Co-regulated Gene

BAI Tian, ZHOU Chunguang, LIU Guixia, WANG Han, WANG Zhe, ZHANG Hongting

College of Computer Science and Technology, Jilin University, Changchun 130012, China

Received:2008-07-19 Revised:1900-01-01 Online:2009-03-26 Published:2009-03-26
Contact: ZHOU Chunguang

摘要/Abstract

摘要： 定义了一种基于滑动匹配的相似度, 并在此基础上提出一种能够自适应确定聚类数目的全局K-均值算法, 解决了现有共调控基因聚类方法无法考虑到基因的正反、延时、部分时间和差异表达全部4种共调控关系的问题. 将提出的算法应用于微阵列数据中, 并将实验结果与CLUSTER 3.0算法进行了比较, 验证了算法的可行性和有效性.

关键词: 共调控基因, 聚类, 全局K-均值, 相似度度量

Abstract: This paper presents a new method of similarity measurement, on the basis of which an global K-means algorithm is presented that is selfadaptive to the determination of the number of cluster, so as to solve the problem that the existing methods of co-regulated gene clustering can take into account all the four co-regulating relationships, that is, reverse, asynchronous, parttime, and differences in the expression. The present algorithm has been applied to the microarray data, and the compare experimental results with CLUSTER 3.0 prove that the algorithm is efficient.

Key words: co-regulating gene, clustering, global K-means, similarity measurement

中图分类号:

TP311

白天, 周春光, 刘桂霞, 王晗, 王喆, 张宏婷. 一种共调控基因聚类的新方法[J]. J4, 2009, 47(02): 292-298.

BAI Tian, ZHOU Chunguang, LIU Guixia, WANG Han, WANG Zhe, ZHANG Hongting. A Novel Approach to Clustering Co-regulated Gene[J]. J4, 2009, 47(02): 292-298.

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