一株急性散发性戊型肝炎病毒基因结构及核苷酸同源性分析

doi:国际合作项目(＊东北地区肝病疫学调研)资助

一株急性散发性戊型肝炎病毒基因结构及核苷酸同源性分析

刘子玲¹，迟宝荣^2＊，高桥和明³，三代俊治³

1. 吉林大学第一医院血液科，吉林长春130021；2. 吉林大学第一医院消化内科，吉林长春 130021；3.日本东芝病院肝病研究所，日本东京〒140-8522

收稿日期:2005-06-23 修回日期:1900-01-01 出版日期:2006-11-28 发布日期:2006-11-28
通讯作者: 迟宝荣

Analysis of HEV genetic structure and nucleotide homology isolated from 　sporadic acute hepatitis E in Changchun

LIU Zi-ling¹, CHI Bao-rong^2＊,KAZUAKI Takahashi³,SHUNJI Mishiro³

1.Department of Hematology,First Hospital,Jilin University,Changchun 130021,China; 2.Department of Digestive Medicine,First Hospital,Jilin University,Changchun 130021,China;  3.Institutes of Hepatic Disease,Toshiba General Hospital,Tokyo 〒140-8522,Japan

Received:2005-06-23 Revised:1900-01-01 Online:2006-11-28 Published:2006-11-28
Contact: CHI Bao-rong

摘要/Abstract

摘要： 目的：分析一株长春地区散发戊型肝炎病毒（HEV）的基因结构和核苷酸同源性。方法：采用RT-nPCR方法检测HEV RNA，应用全自动测序仪进行序列测定。结果：所获得的HEV-CCC220全长7 193bp，编码2 397个氨基酸，由5′-UTR（nt 1-9）、3′-UTR（nt 7152-7193）和3个开放读码框架（ORF_s）组成。与HEV Ⅳ型核苷酸同源性明显高于HEVⅠ～Ⅲ型，全基因序列核苷酸同源性为83.2 %～85.0%；与ORF₂间300　nt和98　nt部分基因序列核苷酸同源性分别为85.0%～93.9%和80.6%～86.7%。结论：长春地区散发性HEV-CCC220属HEV Ⅳ型，ORF₂间300nt部分核苷酸序列可以代替全基因序列进行HEV基因型分析。

关键词: 戊型, 基因, 结构, 病毒, 序列同源性, 核酸, 序列分析

Abstract: Objective To analyze the HEV genetic structure and nucleotide homology isolated from sporadic acute hepatitis E in Changchun.Methods HEV RNA was detected with reverse transcription nested polymerase (RT-nPCR) and sequenced by automatic sequenator. Results The length of acquisitive HEV-CCC220 was 7193 bp coding 2397 amino acid . The gene of HEV-CCC220 was composed of 5’-UTR(nt 1-9),3’- UTR(nt 7152-7193) and three open reading frames(ORFs). Its homology with HEV IV was obviously higher than that with HEV I-III. The whole genome sequence nucleotide homology was 83.2%-85.0%,85.0%-93.9% and80.6%-86.7% as compared with 300nt and 98nt partial nucleotide sequence of ORF2.The homology comparison of various areas and various lengths of nucleotide was different. Conclusion The HEV-ccc220,which sporadically happened in Changchun,is the subtype IV of HEV.The 300nt of ORF2 can replace the whole gene order to perform genotype analysis of HEV.

Key words: genetic, structure, viral, sequence homology, nucleic acid, sequence analysis

中图分类号:

R373.2

刘子玲，迟宝荣，高桥和明，三代俊治. 一株急性散发性戊型肝炎病毒基因结构及核苷酸同源性分析[J]. J4, 2006, 32(6): 1052-1054.

LIU Zi-ling, CHI Bao-rong,KAZUAKI Takahashi,SHUNJI Mishiro. Analysis of HEV genetic structure and nucleotide homology isolated from 　sporadic acute hepatitis E in Changchun[J]. J4, 2006, 32(6): 1052-1054.

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